滇池属地震断层陷落型湖泊，大约中生代末与新生代初(距今约7000万年)，古盘龙江已发育，由于长期的流水侵蚀作用，使昆明附近成为宽浅的谷地。到新生代中新世晚期(约在1200万年前)，云南大地发生多次间歇性的不等量上升，后又出现南北向的大断裂。断层线以西，地壳受到抬升，形成山体陡峻的西山，似从湖畔拔地而起；断层线以东相对下沉，加之晋宁县西南部与玉溪市交界的刺桐关山地的抬升，导致古盘龙江南流通路被阻，积水而成为古滇池。还有一种说法与此说吻合，认为古滇池属红河水系，从刺桐关流入红河，后来当滇池水域降在1940米以下后，经过漫长岁月，刺桐关抬升海口河下沉，滇池出流受阻才改道由海口河向西转北流入金沙江水系。[1] 古代的滇池北起松花坝，南至晋宁宝峰，东到呈贡王家营，西到今马街山脚。在战国至西汉的古滇国时期，滇池东北岸的水位已下落至1915米左右，今落索坡、龙头街和黄土坡附近的大片丘陵和平地已露出水面。至唐宋时期滇池水位降到了1890米，滇池水面有510平方公里；元朝水面缩小到410平方公里，明朝为350平方公里，清朝为320平方公里，今天已不到300平方公里。滇池的库容也与面积同步不断减少，唐宋时18.5亿立方米，到清代为16亿立方米，1947年估算约15.7亿立方米，今天库容仅13亿立方米左右。
滇池，位于昆明坝子中央，东起呈贡区旁，西至西山之麓，北临大观公园，南入晋宁县内[1] 。全部在云南省省会昆明市境内，北大半部属于昆明市辖区。其中，西北部属西山区，面积约占三分之一，沿岸有前卫街道、福海街道、碧鸡镇、海口镇等地；东北上部分属官渡区，面积约占六分之一，沿岸有六甲街道、官渡街道、矣六街道等地；东北下半部呈贡区，沿岸有斗南街道、龙城街道、大渔乡、马金铺乡等街道或乡镇。南部约三之分一属晋宁县，沿岸有新街乡、晋城镇、上蒜乡、晋宁县城昆阳镇、二街乡等。
水量上游盘龙江流域面积903 平方千米，多年平均年径流量1.65亿立方米。 滇池的水位，在海口建闸以后，基本在人为控制之下，根据《云南省滇池保护条例》规定，滇池外海控制运行水位为：正常高水位1887.5米，最低工作水位1885.5米，特枯水年对策水位1885.2米，汛期限制水位1887.2米，20年一遇最高洪水位1887.5米。多年数据表明，基本在可控范围内。
水质20世纪60年代滇池无论草海还是外海水质均为2类，20世纪70年代为3类，20世纪80年代草海和外海的水质分别为5类和4类，20世纪90年代水质进一步恶化。分别为超5类和5类。30年来，水质下降了3个等级。水体的透明度50年代时草海可达2米，外海为1米左右，有的地方甚至清澈见底。20世纪80年代草海只有0.40～0.60米，外海为0.65～0.75米。90年代最差，草海的透明度只有0.25米，外海的透明度只有0.41米。20世纪 50年代，滇池的水生高等植物十分丰富，植被占湖面的90%以上。到70年代末期，植被面积不到20%。海菜花群落为滇池的主要特征之一，60年代前，草海曾因海菜花繁茂而被称为“花湖”。70年代海菜花已寥寥无几。今天，海菜花已被水葫芦取代，水体富营养化日趋严重。过去滇池水产资源丰富，有多种鱼类，其中以鲤鱼产量最高，金线鱼最名贵。但是由于近年水质的污染，生物群种结构已产生不良演变。50年代中期滇池尚有水生植物44种，而80年代中期减少到29种；滇池原有鱼类23种，其中土著鱼15种，现在土著鱼只剩下4种了。造成滇池水污染的有三大原因。首先是，滇池地处昆明城市下游，是昆明盆地最低凹地带，所以客观上成了昆明的“排污桶”。这个“桶”必须不停地接纳生活污水、工业废水和含有农药化肥的农业污水，加之滇池流域城镇化迅速发展又增加了污水数量。据统计，每年排入滇池的污水约2亿立方米，即2亿吨左右。其次是，滇池属于半封闭性湖泊，缺乏充足的洁净水对湖泊水体进行置换。另外是，在自然演化过程中，滇池湖面缩小，湖盆变浅，内源污染物堆积，进入老龄化阶段，还有人为加大湖水排泄量和降低周边森林复盖率，更加速了老龄化进程。21世纪初，开始治理保护工作，水质逐渐提升。