当时的他是最好的他，后来的我是最好的我。可是最好的我们之间，隔了一整个青春。怎么奔跑也跨不过的青春，只好伸出手道别。
——题记
普通学生耿耿中考时意外考进振华高中，在偶然的机会下和“学霸”余淮相识。军训的时候，耿耿认识了闺蜜简单、蒋年年，之后又和余淮成为了同桌。进入振华后的生活就如耿耿预料的一样危机重重，摸底考试的沉重打击、上课听不懂等等，回到家里时，突然出现的新妈妈和新弟弟也让她一时无法接受。然而，因为同桌余淮、还有交到的一群好朋友的陪伴，这一切都变得不同，朋友们让耿耿的高中生活不再孤单。在高中三年同桌的时间内，耿耿和余淮从平凡的小事中共同成长，他们带着懵懂青涩的好感和青春告别。高考之后，耿耿心里最特别的那个男孩子竟然消失了。一别多年，重遇时，还惦记着当年约定的耿耿却受到刺激，需要在一直念念不忘的余淮和猛烈追求自己的路星河之间做出选择。
《最好的我们》似乎是在讲整个班级的故事。每一个配角都能以他（她）特有的性格吸引你。哪怕只是一闪而过，他们也不再是一块人肉背景墙。
比如说这种到处爱问别人考了多少分、到处问别人学习经验的学习狂热攀比者。
比如说在每个人的生活中都会出现的一位可爱的胖子。
又或者这位替学生背黑锅而被撤班主任一职、从农村小镇走出来的作文青年老师。
他们说着不标准的普通话，打扮得普普朴素，骑着和我们一样破旧的自行车，但是却为学生尽心尽力，会因为一道题给我们讲一中午，会因为我们嘚瑟训到整个办公室都听到，会因为我们考到外地骄傲许久。
但是我最喜欢的是男主余淮，他是理科极强的尖子生，在班里考试从不跌出前三名；他待人热心肠，性格阳光、大大咧咧，在班里人缘很好，总是活跃在各个活动的中心。然而本是天之骄子，却被命运打败。跟耿耿遇到大事从来不掉链子不同，余淮可能属于那种一到重要考试就出问题的“倒霉孩子”。高考余淮没有考好，独自跑到了邻市的实验中学复读，拒绝和所有人的联系，包括耿耿，连号码也换了。复读一年后，余淮第二次高考考了全省第三，终于如愿以偿被清华录取。但与此同时，余淮妈妈患上了尿毒症。爸爸为了支付庞大的医疗费不得不继续在国外工作，余淮为了照顾妈妈，不得不放弃北京、放弃清华，就在本地读了大学。余淮一边上学一边照顾妈妈，还是努力在三年内就修完了全部学分，拿到了去美国读书的全额奖学金。高中毕业后十年，余淮暑假回家看望母亲，才重新与耿耿相遇。
故事的最后，耿耿给余淮发短信“晚秋高地等你”，两个人也都明白了自己的心意，都决定让曾经的故事从那里结束，现在就要让故事在那里重新开始。
“耿耿余淮”也有了美好的结局。