《草房子》的故事就是发生在水乡。故事从桑桑上一年级开始，一直讲到1962年他小学毕业。熟悉那段历史的人肯定知道，那正是“大跃进”与以后的三年自然灾害期间。不过故事中并没有讲到这段历史，只是讲一个水乡小学宁静却也不平静的故事。 桑桑是校长桑乔的儿子。桑桑的家就在油麻地小学的校园里，也是一幢草房子。
油麻地小学是一色的草房子。十几幢草房子，似乎是有规则，又似乎是没有规则地连成一片。它们分别用作教室、办公室、老师的宿舍，或活动室、仓库什么的。在这些草房子的前后或在这些草房子之间，总有一些安排，或一丛两丛竹子，或三株两株蔷薇，或一片花开得五颜六色的。美人蕉，或干脆就是一小片夹杂着小花的草丛。这些安排，没有一丝刻意的痕迹，仿佛是这个校园里原本就有的，原本就是这个样子。……油麻地小学的草房子，那上面的草又用得很考究，很铺张，比这里的任何一个人家的选草都严格，房顶很厚。因此油麻地小学的草房子里，冬天是温暖的，夏天却又是凉爽的。这一幢幢房子，在乡野纯净的天空下，透出一派古朴来。而当太阳凌空而照时，那房顶上金泽闪闪，又显出一派华贵来。
少年桑桑跟随父母来到父亲出任校长的油麻地小学读书。他是个喜欢“异想天开或者做出一些出人意料的古怪行为”的孩子，他为了让自己养的鸽子有个像样的家，就把家里用的碗柜改制成一所鸽舍；他看到渔船上的人用网捕鱼，就把家里的蚊帐剪开做成一张渔网，还真捕到了鱼；他在夏天里想到城里卖冰棍的人总将冰棍裹在棉套里，就突发奇想地在大热天里穿上棉衣棉裤……所有这些怪念头和行为，使桑桑性格中的聪明好奇，敢想、敢做，爱自我表现等特点充分表现了出来。
草房子这本书主要写了，在1962年8月的一个上午，秋风乍起，暑气已经过去，一个十四男孩儿桑桑，登上了油麻地小学那一栋草房子的房顶。桑桑坐在房顶上，油麻地小学第一次一下子就全都扑进了他的眼底。秋天的白云，温柔如絮，又有远去；枯萎的梧桐，正在秋风里忽闪忽闪地飘落；金色的麦田，在秋风的吹拂下，扬起了金色的麦浪。这个十四岁的小男孩儿桑桑，忽然觉得自己特别想哭，于是便小声的呜咽起来。
第二天一大早，一只大木船，在油麻地里的人还未醒来时，就将载着他和他的家，远远地离开这里他将永远的告别与他朝夕相伴的这片金色的草房子。